El pueblo de Pilahuín es descendiente del Jatun Ayllu Tomabela, grupo étnico de los chimbos, este pueblo ocupó los dos lados de la cordillera occidental de los Andes, al pie de los nevados de Chimborazo y Carihuayrazo; en época de la colonia la hacienda permitió a los Pilahuínes permanecer en los territorios donde estaban asentados los ayllus de sus antepasados, mantenerse como comunidad de lengua y cultura, desarrollar un sentido de pertenencia local, reconstituir las antiguas redes de parentesco de los ayllus, (que se vieron fortalecidas con la institución del compadrazgo, traída por los españoles). Se cree que su nombre se debe a un modo muy particular de adornar las vasijas de barro o por la existencia abundante de las familias Pilamunga Cando.


Pilahuin fue declarada como parroquia eclesiástica con el párroco Francisco de la Torre como fundador en el año de 1658 y según la ley de division territorial del ecuador fue creada el 29 de mayo de 1861.